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RNA_Benchmark_Based_RNA基准数据集完整数据
数据集概述 本数据集为RNA相关基准数据，包含预测、CT等关键词相关内容，由六个压缩文件组成，覆盖序列、结构、多序列比对及预测结果等数据类型，为RNA研究提供基础数据支持。 文件详解 压缩文件集（共6个，均为.zip格式）： fasta.zip：可能包含RNA序列相关的FASTA格式文件...
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UBTR012574化学系列扩展数据集II
数据集概述 该数据集围绕UBTR012574化学系列的扩展展开，包含针对USP5锌指泛素结合域（ZnF-UBD）的分子对接模拟数据，用于优先化合物合成的研究。 文件详解 UBTR012574.pdb：PDB格式文件，可能为UBTR012574的分子结构数据...
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组蛋白变体H2A_Z转录调控的结构机制支持性数据集
数据集概述 本数据集是关于组蛋白变体H2A.Z转录调控结构机制研究的支持性数据，包含分子坐标、冷冻电镜图谱及验证报告等文件，为相关研究论文评审提供数据支撑。 文件详解 该数据集包含6个文件，具体说明如下： - 分子坐标文件: - 7M1X.pdb: PDB格式文件，存储H2A.Z核小体的分子坐标数据。 - 冷冻电镜图谱文件（.mrc格式）: -...
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嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺电场下硝酸盐截留增强分子动力学模拟数据集
数据集概述 本数据集包含用于研究嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺在电场下增强硝酸盐截留性能的分子动力学模拟数据及输入文件，涵盖平衡分子动力学（EMD）和非平衡分子动力学（NEMD）模拟的配置、力场和参数文件，支持复现相关研究结果。 文件详解 该数据集为压缩包格式，内部包含两个核心目录： - EMD/ 目录（平衡MD模拟，GROMACS软件）： -...
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大肠杆菌中关键GTP酶ObgE调控脂多糖合成研究数据集
数据集概述 本数据集是关于大肠杆菌中关键GTP酶ObgE调控脂多糖（LPS）合成的科学研究伴随数据，包含蛋白质相互作用、结构预测、质谱分析等实验结果，支持解析ObgE与LpxA相互作用对LPS合成及细胞生长的调控机制。 文件详解 该数据集包含94个文件，覆盖多种实验数据类型，具体如下： - 结构数据文件： -...
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Munc18_1_syntaxin_1a复合物构象变化探索数据集
数据集概述 本数据集围绕Munc18-1与syntaxin 1a复合物的构象变化研究，包含荧光各向异性、凝胶过滤、天然凝胶等实验数据，以及蛋白质结构文件和实验结果图片，为相关分子机制研究提供原始数据支持。 文件详解 文档与文本类文件： README_M18_confchange.rtf：RTF格式的说明文档，可能包含数据集背景、实验方法等信息...
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肉毒杆菌神经毒素潜在解毒剂计算机辅助筛选数据集
数据集概述 本数据集为基于计算机辅助筛选的肉毒杆菌神经毒素潜在解毒剂研究数据，包含三十五种源自NSC1012结构的配体与A、B、E、F型肉毒杆菌神经毒素催化域的分子对接结果，以及药物代谢动力学（ADME）性质分析数据，为开发肉毒中毒解毒剂提供候选化合物基础。 文件详解 该数据集包含多种格式的文件，具体说明如下： - 分子结构与对接结果文件： -...
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FMP或N_FMP与FAPα分子对接模拟数据集
数据集概述 该数据集包含FMP和N-FMP与FAPα的分子对接模拟数据，旨在揭示FMP较长自降解连接子提升对FAPα响应性的机制。通过MolAICal 1.3软件进行模拟，对比两者与FAPα的氢键相互作用差异，验证FMP更优的酶动力学特性。 文件详解 文档与说明文件： README.md：Markdown格式，数据集概述文档...
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基于肽模拟物的FDA批准化合物抑制IRE1活性模拟数据集
数据集概述 该数据集包含甲氨蝶呤、头孢哌酮、亚叶酸和叶酸与IRE1相互作用的对接及分子动力学（MD）模拟数据，涉及IRE1激酶位点（Lys599）和核糖核酸酶位点（Lys907）的2D相互作用图谱，为研究化合物抑制IRE1活性提供数据支持。 文件详解 文件名称: README.txt，格式:...
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FireProtDB与PDB结构蛋白质稳定性数据集
数据集概述 本数据集整合FireProtDB的序列突变热力学稳定性数据（ddG）与RCSB PDB的蛋白质结构文件，用于训练预测蛋白质点突变稳定性变化的模型。包含3438个突变数据及对应结构，支持蛋白质工程与结构生物学研究。 文件详解 压缩包文件： fireprot_upload.zip：压缩包格式，包含数据集所有内容 目录与子文件：...
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木瓜蛋白酶晶体与天然产物配体混合物浸泡的补充单晶X射线衍射结构数据集
数据集概述 本数据集包含木瓜蛋白酶晶体与天然产物配体混合物（主要为环氧基半胱氨酸蛋白酶抑制剂E-64类似物）浸泡后的单晶X射线衍射结构，提供结构坐标、结构因子及初步验证报告，因配体密度不足未存入PDB，现作为补充数据公开。 文件详解 文件名称：papain_cocktails_XRD_no-dep_FigS12.zip 文件格式：ZIP压缩包...
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蛋白质空腔与水动力学识别表征工具教程文件_CICLOPv2
数据集概述 本数据集是CICLOP v2.0工具的教程文件，该工具用于识别和表征蛋白质空腔及其中的水。数据集包含工具代码、示例文件、环境配置文件和教程文档，为使用该Python工具分析分子动力学轨迹或PDB文件提供支持。 文件详解 工具代码文件: CICLOPv2.0_waterdynamics.py: Python格式，CICLOP...
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鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制分子动力学模拟数据集
数据集概述 本数据集包含鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制研究的分子动力学模拟快照及力场拓扑文件。核心内容为模拟得到的三种结合模式（ROT1、pre-redox、ROT2）的蛋白质-配体结构，以及GROMACS格式的鱼藤酮及其衍生物的力场参数文件，为相关分子机制研究提供数据支持。 文件详解 分子模拟快照文件（位于configurations/目录下）:...
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数据47G4_Hu19_scFv与VL_VL二聚体的Alphafold2模型数据集
数据集概述 本数据集包含47G4（Hu19）单链抗体片段（scFv）二聚体及VL-VL二聚体的Alphafold2预测模型，展示了scFv二聚体的VH-VL结构互换特征，为抗体结构分析提供数据支持。 文件详解 47G4（Hu19）scFv二聚体模型文件：...
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数据16LiF16HF_Based_量子化学分子数据完整分析数据集
数据集概述 该数据集包含与16LiF16HF相关的9个文件，涵盖图像、分子结构、脚本、日志等多种类型，无目录结构，文件类型分布均衡，未提供内容预览。 文件详解...
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人参皂苷F1生产相关多功能糖苷酶分子模拟数据集
数据集概述 该数据集包含人参皂苷F1生产相关的分子对接及动力学模拟数据，针对野生型β-葡萄糖苷酶BgDU及其DUase突变体与底物NG-R1、G-Rg1的结合动态及构象变化，开展了四组独立模拟研究，为糖苷酶结构工程改造提供数据支持。 文件详解 数据集包含四个核心文件夹，具体说明如下： - Docking Structure文件夹： -...
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USP5锌指泛素结合域与化合物UBTR012574a共晶结构数据集
数据集概述 该数据集围绕USP5锌指泛素结合域（ZnF-UBD）与化合物UBTR012574a的共晶结构研究，包含晶体生长、结构解析相关的实验数据、结构文件及分析结果，为探究配体与结合口袋的相互作用及预测结合构象与实验构象的一致性提供数据支持。 文件详解 蛋白质结构文件：...
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TCR阻断型HLA_A_11_01特异性人单克隆抗体分子对接数据集
数据集概述 本数据集包含针对TCR阻断型HLA-A11:01特异性人单克隆抗体（1H5 mAb）与HLA-A11:01分子对接实验的输入文件与输出结果，涵盖分子结构、对接参数、预测数据等多类型文件，为相关分子相互作用研究提供数据支持。 文件详解 分子结构文件（.pdb格式，共3个）：...
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数据2021_EMDataResource配体模型挑战数据集
数据集概述 该数据集是2021年由EMDataResource主办的冷冻电镜图谱配体模型挑战的完整数据，包含17个研究组提交的六十一份模型及相关文件，旨在评估近原子分辨率冷冻电镜图谱中蛋白质或蛋白质-核酸复合物结合配体建模的可靠性与可重复性。 文件详解 挑战说明文档： 2021-EMDataResource-Ligand-Challenge-...
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模式生物VPS13蛋白AlphaFold预测结构数据集
数据集概述 本数据集包含多种模式生物VPS13蛋白的AlphaFold预测结构。因蛋白较大，仅对部分序列进行预测，并通过PyMOL对齐结构，同时提供域组织摘要PDF文件，为研究VPS13蛋白结构提供数据支持。 文件详解 蛋白结构压缩文件（共22个，格式为.zip）：...
