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KRAS高变区分子动力学研究数据与模拟文件
数据集概述 该数据集包含KRAS高变区（HVR）分子动力学（MD）研究的关键模拟输入文件、处理后的轨迹及分析脚本，围绕KRAS膜结合调控及下游效应子相互作用展开，支持研究的可重复性与透明度。 文件详解 文件名称：kras_md_zenodo.zip 文件格式：ZIP压缩包...
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真菌NUDIX酶多样性分析数据集
数据集概述 本数据集涵盖真菌NUDIX酶多样性分析的原始数据，包含补充文件（如真菌组装列表、蛋白ID、基序保守性等）和多个文件夹（分子对接结果、结构文件、序列比对、系统发育树），为研究真菌NUDIX酶的多样性与功能提供支持。 文件详解 补充文件: Supplementary_File_S1.xlsx:...
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振动激子模型与量子化学局域模计算基准测试数据集
数据集概述 本数据集是学术论文的配套数据，包含振动激子模型与量子化学局域模计算的基准测试数据，涉及六个多肽测试案例在真空或水环境下的频率计算结果，覆盖不同计算方法和参数设置，为相关计算复现与分析提供支持。 文件详解 该数据集包含多个目录和文件，具体说明如下： - 目录 '01_AIM'： -...
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DMPC和DMTAP脂质及其混合物的构型与参数数据集
数据集概述 本数据集包含在五十摄氏度下，阳离子型（电荷：正一）DMTAP脂质、DMPC脂质、水及中和离子（必要时）组成的不同系统的构型与参数，覆盖纯DMPC及六种DMTAP比例的混合体系。 文件详解 脂质构型文件（PDB格式）：共十一个，对应不同DMTAP比例的脂质系统，包含脂质、水和中和离子的原子坐标...
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ALK2_ACVR1与M4K2117共结晶结构数据集_PDB_6SRH
数据集概述 该数据集包含ALK2（ACVR1）与化合物M4K2117共结晶的结构数据，已在PDB数据库以代码6SRH存档。数据涵盖结晶结构相关的多种文件类型，为研究该蛋白与化合物的相互作用提供支持。 文件详解 结构与序列文件： M4K2117_refine_12.cif：CIF格式，可能包含经精修的晶体结构信息...
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野生型与突变型人CYP2J2与三种多不饱和脂肪酸的同源建模_分子对接及分子动力学模拟数据集
数据集概述 本数据集为研究论文的配套数据，包含野生型与突变型人CYP2J2蛋白与三种多不饱和脂肪酸相互作用的同源建模、分子对接及分子动力学模拟相关文件，为理解CYP2J2蛋白与脂肪酸的结合机制提供数据支持。 文件详解 Abelak_etal_Methods.pdf：PDF格式文档，描述本数据集及补充数据的生成方法...
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Adel_BIOM560_Based_生物分子研究材料完整数据
数据集概述 该数据集为Adel BIOM560项目的相关材料，包含蛋白质结构文件、预测分析图表、统计数据集及预测结果表格等，覆盖结构生物学与生物信息学分析内容，支持相关研究或项目开展。 文件详解...
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基孔肯雅病毒nsP2蛋白酶植物化合物拮抗剂分子建模数据集
数据集概述 本数据集为基孔肯雅病毒nsP2蛋白酶的植物化合物拮抗剂研究提供分子建模数据支持，包含野生型及两种突变体（C478A、H548A）与芹菜素、异鼠李素的对接、分子动力学模拟文件及配体结构、蛋白质结构等相关数据。 文件详解 突变体与配体模拟文件：...
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Top1_Model_Building_Based_蛋白质模型构建完整数据
数据集概述 本数据集包含Top1模型构建相关的文件，主要由蛋白质结构文件（PDB格式）、模型质量统计文件（XLSX格式）和压缩存档文件组成，为模型结构研究提供基础数据支持。 文件详解...
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核孔复合体Nup84亚复合体建模脚本数据集
数据集概述 该数据集包含用于核孔复合体Nup84亚复合体建模的脚本文件，展示如何结合IMP、MODELLER、PMI工具，利用286个DSS/EDC化学交联数据和电子显微镜2D类平均图像进行结构建模，提供了从组件初始结构生成到整体复合体建模的流程支持。 文件详解 分子动力学轨迹文件（.dcd格式）：...
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SARS_CoV_2_Mpro下一代抑制剂分子动力学模拟数据集
数据集概述 该数据集为期刊文章配套的分子动力学模拟数据，围绕SARS-CoV-2 Mpro下一代抑制剂研究，包含初始坐标与最终输出的PDB文件及模拟输入压缩包，支持相关药物机制分析。 文件详解 PDB格式文件（共48个）： 初始坐标文件：如mpro-FD3-32_initial_coordinate.pdb、mpro-...
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细胞色素bc1复合物Qo位点氧化还原激活质子转移冗余网络数据集
数据集概述 该数据集包含细胞色素bc1复合物Qo位点的初始分子构型文件与示例脚本，用于复现相关研究论文的结果。文件涵盖分子结构文件、数据文件、说明文档及代码脚本，支持使用pDynamo3库进行分子动力学模拟分析。 文件详解 该数据集包含九个文件，具体说明如下： - 说明文档： - README.pdf：PDF格式，提供数据集说明文档 -...
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BenchStab蛋白稳定性突变预测比较数据集
数据集概述 本数据集为BenchStab工具配套数据，用于独立评估18种基于结构和4种基于序列的蛋白稳定性突变预测工具。数据来自FireProtDB的单点突变实验ΔΔG值，经UniRef50和SCOP聚类去重后得到289条记录，包含36种蛋白，其中约百分之二十八为稳定突变。 文件详解 文件名称: dataset.csv 文件格式: CSV 字段映射:...
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AlphaFold在变质蛋白质上的应用数据集
数据集概述 本数据集包含用于AlphaFold在变质蛋白质研究的五组蛋白质结构相关文件，涵盖蛋白质结构模型文件、可视化图片及压缩包，为研究变质蛋白质的结构预测与分析提供数据支持。 文件详解 压缩包文件: Application-of-AF-on-metamorphic-proteins.zip: ZIP格式压缩包，可能包含数据集的完整文件集合...
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LANA_ET_AFSample模型_排序置信度与NMR引导评分数据集
数据集概述 本数据集包含LANA_ET目标的AFSample建模结果、排序置信度数据及NMR引导评分数据，提供模型文件、分析用数据文件和精选高评分模型，支持相关生物信息学分析。 文件详解 LANA_ET_processed.zip：压缩文件，包含针对该目标的AFSample 1和2建模生成的PDB格式模型文件...
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受限支持的金亲合作用数据集
数据集概述 本数据集包含超分子笼（1892128、H、B1-B4、B10）和金配合物（G、G2、1-4）的处理后结构数据文件，以及通过pyKVFinder计算的空腔体积和尺寸参数，为研究受限环境下的金亲合作用提供结构与计算数据支持。 文件详解 文件名称: Aurophilic-Dataset.zip 文件格式: ZIP压缩包 包含内容:...
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俄勒冈州哥伦比亚县Rock_Creek晚始新世Keasey组深海甲烷渗漏同位素数据表2
数据集概述 该数据集为《美国俄勒冈州哥伦比亚县Rock Creek晚始新世Keasey组深海甲烷渗漏》研究中的表2数据，包含沉积物样本和有孔虫（Globobulimina auriculata、G. pacifica、Uvigerina cocoaensis）的同位素数据，记录了碳同位素（δ13C % PDB）和氧同位素（δ18O %...
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牙龈卟啉单胞菌T9SS组分复合物的AlphaFold2预测结构数据集
数据集概述 本数据集包含通过AlphaFold2预测的牙龈卟啉单胞菌IX型分泌系统（T9SS）核心膜复合物相关结构数据，涉及PorK-PorN二聚体、PorK-PorN环、PorM二聚体与PorL五聚体复合物、PorK与PorM结构域2-4二聚体复合物等多种复合物的预测结构，为研究T9SS核心膜复合物的组成与功能提供结构基础。 文件详解...
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酵母拓扑异构酶I与Rpc82相互作用数据集
数据集概述 该数据集围绕酵母拓扑异构酶I（Top1）与Rpc82的相互作用展开，包含分子结构预测模型、分子对接数据、模拟数据及说明文档，为研究两者的分子互作机制提供数据支持。 文件详解 README.txt:...
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胆固醇对膜影响的非普遍性研究数据集
数据集概述 本数据集包含原子分子动力学模拟的设置文件、参数文件及后处理分析用的修改轨迹，围绕胆固醇对膜的流动性、曲率感知和弹性的非普遍性影响展开，对应2023年发表于《Nature Comm.》的研究。 文件详解 压缩文件： Membrane-...
