数据集概述
该数据集围绕基于结构的PROTAC设计展开，聚焦于评估蛋白质-蛋白质对接工具对E3连接酶与靶蛋白结合界面的预测准确性，涉及BRD4BD1-CRBN、BRD4BD2-VHL等复合物及HADDOCK、Rosetta、ICM三种对接工具。
文件详解
- 文件名称: Zenodo_Final.pdf
- 文件格式: PDF (.pdf)
- 文件内容: 该文档记录了使用HADDOCK、Rosetta、ICM三种蛋白质-蛋白质对接工具，针对BRD4BD1-CRBN（PDB：6boy、6bnb）、BRD4BD2-VHL（PDB：5t35）、SMARCA2BD-VHL（PDB：6hay）复合物的预测结构与晶体结构对比分析结果。
适用场景
- 药物研发: 辅助PROTAC分子设计，优化E3连接酶与靶蛋白结合界面的化学基团相对取向
- 计算生物学研究: 评估蛋白质-蛋白质对接工具在PROTAC相关复合物预测中的准确性
- 结构生物学分析: 探索E3连接酶与靶蛋白复合物的结构特征及结合机制
- 分子模拟方法优化: 对比不同对接工具在特定蛋白复合物预测任务中的性能差异
