数据集概述
本数据集为Drosophila nigrosparsa（一种欧洲山地特化果蝇）的转录组从头组装数据，基于22个发育和生理阶段的混合mRNA样本，通过Illumina高通量测序获得。数据包含组装的转录本、注释的单基因、蛋白质序列及分析脚本，可用于研究该山地物种的基因表达与适应性进化。
文件详解
- 组装与注释文件（共4个FASTA格式文件）
- Dnig annotated unigenes.fasta：FASTA格式，包含注释的单基因序列
- Dnig annotated transcripts v2.fasta：FASTA格式，包含注释的转录本序列（第二版）
- Dnig trinity contigs.fasta：FASTA格式，包含Trinity组装得到的转录本 contig序列
- Dnig annotated proteins.fasta：FASTA格式，包含注释的蛋白质序列
- 分析脚本文件
- Scripts.zip：ZIP格式，包含转录组组装与分析相关的脚本文件
数据来源
论文“De novo transcriptome assembly of the mountain fly Drosophila nigrosparsa using short RNA-seq reads”（Genomic Resources Notes，接收时间2014年8月1日-9月30日）
适用场景
- 山地物种适应性进化研究：分析Drosophila nigrosparsa基因序列特征，探究其对高海拔环境的适应性机制
- 转录组结构分析：通过组装的转录本与单基因数据，研究该物种的基因表达模式与转录本多样性
- 蛋白质组学研究：利用注释的蛋白质序列，预测功能域及参与的生物学过程
- 气候变化响应机制研究：结合实验室热胁迫实验，分析基因表达变化与适应性进化的关联
