数据集概述
本数据集包含支持“果蝇螺旋体共生体快速分子进化”研究的相关数据文件，包括序列、比对结果、分析方案及实验协议等，可用于复现论文中的研究发现。
文件详解
- OTU_sequences.fasta：FASTA格式文件，包含所有经PfamScan预测含OTU结构域的螺旋体序列
- OTU_alignments.fasta：FASTA格式文件，使用Mafft进行的OTU结构域比对结果
- RIP_sequences.fasta：FASTA格式文件，包含所有经PfamScan预测含RIP结构域的螺旋体序列
- RIP_alignments.fasta：FASTA格式文件，使用HMMER软件包进行的RIP结构域比对结果
- Spiroplasma_supermatrix.fasta：FASTA格式文件，串联的螺旋体单拷贝保守基因座比对结果（排除重组基因座）
- Spiroplasma_partitions.txt：TXT格式文件，列出构成螺旋体超级矩阵的基因座
- Spiroplasma_partitioning.scheme.txt：TXT格式文件，最大似然分析中使用的最佳分区方案（经IQ-TREE确定）
- Protocol_1.pdf：PDF格式文件，用于提取螺旋体DNA的氯仿-乙醇实验方案
适用场景
- 分子进化研究：分析螺旋体共生体的快速进化机制
- 生物信息学分析：复现论文中的序列比对及系统发育分析
- 微生物学实验：参考螺旋体DNA提取的实验方法
- 基因组学研究：探究螺旋体基因座的保守性与重组特征
