数据集概述
本数据集为系统发育树估算方法研究的补充资料，包含PaHMM-Tree（一种无需单一比对的邻接法）的开发及基准测试结果。通过模拟数据对比该方法与传统两步法（多序列比对+树推断）、无比对距离法的性能，分析不同序列分歧度下各方法的准确性差异，是进化生物学与生物信息学研究的参考数据。
文件详解
- 文件名称：PaHMM-Tree_supplementary_r1.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：作为补充文档，内容涵盖PaHMM-Tree方法的技术细节、模拟实验设计、各系统发育树推断方法（含两步法、无比对法）的基准测试结果数据，以及不同序列分歧度下的性能对比分析。
数据来源
论文“Phylogenetic tree estimation with and without alignment: new distance methods and benchmarking”
适用场景
- 系统发育树方法评估: 对比PaHMM-Tree与传统两步法、无比对法在不同序列分歧度下的树推断准确性。
- 生物信息学算法研究: 分析无比对距离方法的性能局限，为新型系统发育树估算算法开发提供参考。
- 进化生物学研究: 探讨序列比对误差对系统发育分析结果的影响，优化远缘物种进化关系推断方案。
- 计算生物学基准测试: 作为模拟数据实验的补充资料，支持系统发育树推断方法的性能验证与比较。
