数据集概述
本数据集记录了矮牵牛（Petunia）红色花色素复杂演化机制的研究数据，包含蛋白质序列比对、系统发育树、基因注释、表型与基因型关联数据等40个文件，涉及花色素生物合成通路基因、MYB转录因子等关键分子的分析资料，用于揭示红色花色素从无色祖先演化的遗传机制。
文件详解
- 序列比对文件
- 文件名称示例：DPL_protein_alignment.gb、ART_translation_alignment.fasta、3GT.phy
- 文件格式：.fasta、.phy、.gb
- 字段/内容说明：包含DPL、PH4等MYB转录因子及3GT、5GT等花色素通路基因的蛋白质序列比对（FASTA/Phylip格式），部分含注释的GenBank格式文件（如.gb），用于基因演化分析。
- 系统发育树文件
- 文件名称示例：All_MYBs_tree_RAxML_bipartitions.T15.tree、Supplemental_Data_2_MYBs_SG6_PH4.newick
- 文件格式：.tree、.newick
- 字段/内容说明：MYB转录因子家族及花色素通路基因的系统发育树文件，含分支支持度信息，用于基因亲缘关系分析。
- 基因注释与关联数据文件
- 文件名称示例：Psec_g1.3_a2.1_iprscan_domain.blastp.decontaminated2.gff、axex_RILs_map_forpub.csv
- 文件格式：.gff、.csv
- 字段/内容说明：基因结构域注释（.gff）、重组自交系（RILs）的表型（花色素含量）与基因型关联数据（.csv）。
- 补充数据文件
- 文件名称示例：tpc.21.01099-SupplementalSD5.xlsx
- 文件格式：.xlsx
- 字段/内容说明：研究的补充数据表格，可能包含实验设计、统计结果等辅助信息。
- 说明文件
- 文件名称：README
- 文件格式：无扩展名
- 字段/内容说明：数据集内容说明，包括文件类型、用途及关键文件对应关系。
数据来源
论文“Complex evolution of novel red floral color in Petunia”
适用场景
- 植物分子演化研究：分析矮牵牛红色花色素关键基因（如DPL、PH4）的演化路径与功能分化。
- 花色素生物合成机制解析：利用通路基因序列比对与系统发育树，揭示红色花色素合成的遗传调控网络。
- 基因功能注释与验证：通过基因结构域注释（.gff）与表型-基因型关联数据（.csv），验证候选基因功能。
- 植物进化生物学教学：作为分子演化分析的案例数据，用于演示序列比对、系统发育树构建等实验方法。
