数据集概述
本数据集包含十三种不等鞭毛类物种(含十一种植物病原卵菌)的比较基因组学分析数据,重点研究卵菌致病相关的基因组特征,如分泌效应子、细胞壁降解酶等毒力相关基因家族的扩张与差异,揭示不同卵菌(如疫霉属、腐霉属)的毒力策略演化机制,共含十二份文件。
文件详解
- 文档文件(.txt格式,共6个)
- 文件名称:包括README_for_pug3_asm_anno.txt、README_for_piw_asm_anno.txt、README_for_pir_asm_anno.txt、README_for_par_asm_anno.txt、README_for_pag1_asm_anno.txt、README_for_pve_asm_anno.txt
- 内容说明:提供对应腐霉属基因组组装与注释的说明文档,包含基因模型功能注释(_functional_annotation.txt)、蛋白质序列(.maker.proteins.fasta)等文件的关键信息
- 压缩文件(.zip格式,共6个)
- 文件名称:包括pir_asm_anno.zip、pag1_asm_anno.zip、piw_asm_anno.zip、pve_asm_anno.zip、pug3_asm_anno.zip、par_asm_anno.zip
- 内容说明:包含各腐霉属物种的基因组组装与注释相关文件,推测涵盖基因功能注释、蛋白质序列、转录本序列等数据
数据来源
密歇根州立大学(http://pythium.plantbiology.msu.edu/)
适用场景
- 植物病原卵菌毒力机制研究: 分析不同卵菌毒力相关基因家族(如分泌效应子、细胞壁降解酶)的分布与差异,揭示致病策略
- 基因组演化分析: 比较卵菌与硅藻等不等鞭毛类物种的基因组特征,探究致病机制的演化路径
- 农业病害防控研究: 基于毒力基因特征开发植物卵菌病害的诊断与防控靶点
- 基因功能注释参考: 为腐霉属等卵菌的基因模型功能注释提供标准化数据集支持