数据集概述
本数据集为二倍体马铃薯RH89-039-16的单倍型解析基因组组装与注释数据，包含1.67 Gb的基因组序列、基因模型及功能注释信息。通过多测序策略解析其高度杂合基因组，揭示了约2.1%的基因组内多样性，涉及有害突变及等位基因表达与甲基化差异，为马铃薯从四倍体无性繁殖向二倍体杂交育种转型提供基因组学基础。
文件详解
- 基因组组装文件
- 文件名称：RH89-039-16_potato_genome_assembly.v2.fa.gz
- 文件格式：FA.gz
- 字段映射介绍：二倍体马铃薯RH89-039-16的单倍型解析基因组序列文件
- 基因模型注释文件
- 文件名称：RH89-039-16_potato_gene_models.v2.gff3.gz
- 文件格式：GFF3.gz
- 字段映射介绍：基因组注释文件，包含基因、转录本、外显子等结构的位置信息
- 蛋白质序列文件
- 文件名称：RH89-039-16_potato.v2.gene_models.pep.fa.gz
- 文件格式：FA.gz
- 字段映射介绍：预测基因的蛋白质序列数据
- 编码序列文件
- 文件名称：RH89-039-16_potato.v2.gene_models.cds.fa.gz
- 文件格式：FA.gz
- 字段映射介绍：基因的编码序列（CDS）数据
- cDNA序列文件
- 文件名称：RH89-039-16_potato.v2.gene_models.cdna.fa.gz
- 文件格式：FA.gz
- 字段映射介绍：基因的cDNA序列数据
- 功能注释文件
- 文件名称：RH89-039-16_potato.v2.gene_models.func_anno.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：基因功能注释信息表，包含基因的功能分类、注释描述等内容
- 说明文件
- 文件名称：README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集说明文档，包含数据来源、文件清单及使用说明
数据来源
论文“Haplotype-resolved genome analyses of a heterozygous diploid potato”
适用场景
- 马铃薯基因组结构研究: 分析二倍体马铃薯基因组的单倍型多样性、有害突变分布及等位基因差异
- 马铃薯遗传育种应用: 为马铃薯从四倍体无性繁殖向二倍体杂交育种转型提供基因组学依据
- 植物基因组注释分析: 研究基因模型、表达模式及甲基化差异对基因功能的影响
- 杂合基因组解析技术验证: 评估多测序策略在复杂杂合基因组组装中的应用效果
- 马铃薯功能基因组学研究: 利用基因功能注释数据挖掘与重要农艺性状相关的基因资源
