数据集概述
本数据集为单细胞Iso-Seq技术优化基因组注释的补充数据，包含通过ScISOr-Seq技术生成的三刺鱼基因模型注释文件、CellRanger输出信息、Iso-Seq处理数据等，可提升scRNAseq分析中基因计数完整性与细胞类型识别准确性，支持基因组注释优化研究。
文件详解
- 文档文件
- 文件名称：README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：说明数据集与Genetics期刊论文的关联，标注数据在FigShare的可用性，明确基因组注释文件适配的Ensembl三刺鱼基因组版本（BROAD S1, 104.1）
- 数据文件（表格类）
- 文件名称：Supplementalfile1_CellRangerOutputInformation.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含Cell Ranger运行的相关输出信息，支持单细胞转录组分析流程的结果解读
- 文件名称：Supplementalfile6_IsoSeq_Processing_Data.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录Iso-Seq数据处理过程的相关数据，支撑Iso-Seq技术流程的追溯与验证
- 文件名称：Supplementalfile7_EnsemblModified_manual_changes.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含对Ensembl基因模型进行手动修改的记录，用于追踪注释优化的具体调整内容
- 基因注释文件（GTF类）
- 文件名称：Supplementalfile2_Annotation1_scISOrSeq.gtf
- 文件格式：GTF
- 字段映射介绍：基于ScISOr-Seq技术生成的基因注释文件，提供优化后的基因结构信息
- 文件名称：Supplementalfile3_Annotation2_Bulk_Iso_Seq.gtf
- 文件格式：GTF
- 字段映射介绍：成年三刺鱼 bulk Iso-Seq数据集对应的基因注释文件
- 文件名称：Supplementalfile4_Annotation3_Pooled_Iso_Seqs_merged_with_ensembl.gtf
- 文件格式：GTF
- 字段映射介绍：ScISOr-Seq与bulk Iso-Seq数据合并后，再与Ensembl基因模型整合的注释文件
- 文件名称：Supplementalfile5_Annotation4_Pooled_Iso_Seqs_merged_with_ensembl_for_cellranger.gtf
- 文件格式：GTF
- 字段映射介绍：适配CellRanger流程的、合并后与Ensembl整合的基因注释文件
- 文件名称：Supplementalfile8_Annotation5_ensembl_modified.gtf
- 文件格式：GTF
- 字段映射介绍：经过修改的Ensembl基因模型注释文件，包含注释优化后的基因结构
数据来源
Genetics期刊论文“Single cell Iso-Sequencing enables rapid genome annotation for scRNAseq analysis”
适用场景
- 基因组注释优化研究：对比不同注释文件（如ScISOr-Seq单独注释、合并注释与Ensembl注释）对基因计数的影响，分析注释优化效果
- 单细胞转录组分析流程优化：利用CellRanger输出信息与适配性注释文件，优化scRNAseq数据的比对与定量流程
- 基因可变剪接研究：通过ScISOr-Seq识别的新剪接变体注释文件，分析三刺鱼基因的可变剪接模式
- 鱼类基因组学研究：基于三刺鱼的基因注释文件，开展鱼类基因结构、表达调控等相关研究
- 生物信息学方法验证：验证ScISOr-Seq技术在快速提升基因组注释质量中的有效性与成本效益
