-
FireProtDB与PDB结构蛋白质稳定性数据集
数据集概述 本数据集整合FireProtDB的序列突变热力学稳定性数据（ddG）与RCSB PDB的蛋白质结构文件，用于训练预测蛋白质点突变稳定性变化的模型。包含3438个突变数据及对应结构，支持蛋白质工程与结构生物学研究。 文件详解 压缩包文件： fireprot_upload.zip：压缩包格式，包含数据集所有内容 目录与子文件：...
-
木瓜蛋白酶晶体与天然产物配体混合物浸泡的补充单晶X射线衍射结构数据集
数据集概述 本数据集包含木瓜蛋白酶晶体与天然产物配体混合物（主要为环氧基半胱氨酸蛋白酶抑制剂E-64类似物）浸泡后的单晶X射线衍射结构，提供结构坐标、结构因子及初步验证报告，因配体密度不足未存入PDB，现作为补充数据公开。 文件详解 文件名称：papain_cocktails_XRD_no-dep_FigS12.zip 文件格式：ZIP压缩包...
-
蛋白质空腔与水动力学识别表征工具教程文件_CICLOPv2
数据集概述 本数据集是CICLOP v2.0工具的教程文件，该工具用于识别和表征蛋白质空腔及其中的水。数据集包含工具代码、示例文件、环境配置文件和教程文档，为使用该Python工具分析分子动力学轨迹或PDB文件提供支持。 文件详解 工具代码文件: CICLOPv2.0_waterdynamics.py: Python格式，CICLOP...
-
鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制分子动力学模拟数据集
数据集概述 本数据集包含鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制研究的分子动力学模拟快照及力场拓扑文件。核心内容为模拟得到的三种结合模式（ROT1、pre-redox、ROT2）的蛋白质-配体结构，以及GROMACS格式的鱼藤酮及其衍生物的力场参数文件，为相关分子机制研究提供数据支持。 文件详解 分子模拟快照文件（位于configurations/目录下）:...
-
数据47G4_Hu19_scFv与VL_VL二聚体的Alphafold2模型数据集
数据集概述 本数据集包含47G4（Hu19）单链抗体片段（scFv）二聚体及VL-VL二聚体的Alphafold2预测模型，展示了scFv二聚体的VH-VL结构互换特征，为抗体结构分析提供数据支持。 文件详解 47G4（Hu19）scFv二聚体模型文件：...
-
数据16LiF16HF_Based_量子化学分子数据完整分析数据集
数据集概述 该数据集包含与16LiF16HF相关的9个文件，涵盖图像、分子结构、脚本、日志等多种类型，无目录结构，文件类型分布均衡，未提供内容预览。 文件详解...
-
人参皂苷F1生产相关多功能糖苷酶分子模拟数据集
数据集概述 该数据集包含人参皂苷F1生产相关的分子对接及动力学模拟数据，针对野生型β-葡萄糖苷酶BgDU及其DUase突变体与底物NG-R1、G-Rg1的结合动态及构象变化，开展了四组独立模拟研究，为糖苷酶结构工程改造提供数据支持。 文件详解 数据集包含四个核心文件夹，具体说明如下： - Docking Structure文件夹： -...
-
USP5锌指泛素结合域与化合物UBTR012574a共晶结构数据集
数据集概述 该数据集围绕USP5锌指泛素结合域（ZnF-UBD）与化合物UBTR012574a的共晶结构研究，包含晶体生长、结构解析相关的实验数据、结构文件及分析结果，为探究配体与结合口袋的相互作用及预测结合构象与实验构象的一致性提供数据支持。 文件详解 蛋白质结构文件：...
-
TCR阻断型HLA_A_11_01特异性人单克隆抗体分子对接数据集
数据集概述 本数据集包含针对TCR阻断型HLA-A11:01特异性人单克隆抗体（1H5 mAb）与HLA-A11:01分子对接实验的输入文件与输出结果，涵盖分子结构、对接参数、预测数据等多类型文件，为相关分子相互作用研究提供数据支持。 文件详解 分子结构文件（.pdb格式，共3个）：...
-
数据2021_EMDataResource配体模型挑战数据集
数据集概述 该数据集是2021年由EMDataResource主办的冷冻电镜图谱配体模型挑战的完整数据，包含17个研究组提交的六十一份模型及相关文件，旨在评估近原子分辨率冷冻电镜图谱中蛋白质或蛋白质-核酸复合物结合配体建模的可靠性与可重复性。 文件详解 挑战说明文档： 2021-EMDataResource-Ligand-Challenge-...
-
模式生物VPS13蛋白AlphaFold预测结构数据集
数据集概述 本数据集包含多种模式生物VPS13蛋白的AlphaFold预测结构。因蛋白较大，仅对部分序列进行预测，并通过PyMOL对齐结构，同时提供域组织摘要PDF文件，为研究VPS13蛋白结构提供数据支持。 文件详解 蛋白结构压缩文件（共22个，格式为.zip）：...
-
KRAS高变区分子动力学研究数据与模拟文件
数据集概述 该数据集包含KRAS高变区（HVR）分子动力学（MD）研究的关键模拟输入文件、处理后的轨迹及分析脚本，围绕KRAS膜结合调控及下游效应子相互作用展开，支持研究的可重复性与透明度。 文件详解 文件名称：kras_md_zenodo.zip 文件格式：ZIP压缩包...
-
真菌NUDIX酶多样性分析数据集
数据集概述 本数据集涵盖真菌NUDIX酶多样性分析的原始数据，包含补充文件（如真菌组装列表、蛋白ID、基序保守性等）和多个文件夹（分子对接结果、结构文件、序列比对、系统发育树），为研究真菌NUDIX酶的多样性与功能提供支持。 文件详解 补充文件: Supplementary_File_S1.xlsx:...
-
振动激子模型与量子化学局域模计算基准测试数据集
数据集概述 本数据集是学术论文的配套数据，包含振动激子模型与量子化学局域模计算的基准测试数据，涉及六个多肽测试案例在真空或水环境下的频率计算结果，覆盖不同计算方法和参数设置，为相关计算复现与分析提供支持。 文件详解 该数据集包含多个目录和文件，具体说明如下： - 目录 '01_AIM'： -...
-
DMPC和DMTAP脂质及其混合物的构型与参数数据集
数据集概述 本数据集包含在五十摄氏度下，阳离子型（电荷：正一）DMTAP脂质、DMPC脂质、水及中和离子（必要时）组成的不同系统的构型与参数，覆盖纯DMPC及六种DMTAP比例的混合体系。 文件详解 脂质构型文件（PDB格式）：共十一个，对应不同DMTAP比例的脂质系统，包含脂质、水和中和离子的原子坐标...
-
ALK2_ACVR1与M4K2117共结晶结构数据集_PDB_6SRH
数据集概述 该数据集包含ALK2（ACVR1）与化合物M4K2117共结晶的结构数据，已在PDB数据库以代码6SRH存档。数据涵盖结晶结构相关的多种文件类型，为研究该蛋白与化合物的相互作用提供支持。 文件详解 结构与序列文件： M4K2117_refine_12.cif：CIF格式，可能包含经精修的晶体结构信息...
-
野生型与突变型人CYP2J2与三种多不饱和脂肪酸的同源建模_分子对接及分子动力学模拟数据集
数据集概述 本数据集为研究论文的配套数据，包含野生型与突变型人CYP2J2蛋白与三种多不饱和脂肪酸相互作用的同源建模、分子对接及分子动力学模拟相关文件，为理解CYP2J2蛋白与脂肪酸的结合机制提供数据支持。 文件详解 Abelak_etal_Methods.pdf：PDF格式文档，描述本数据集及补充数据的生成方法...
-
Adel_BIOM560_Based_生物分子研究材料完整数据
数据集概述 该数据集为Adel BIOM560项目的相关材料，包含蛋白质结构文件、预测分析图表、统计数据集及预测结果表格等，覆盖结构生物学与生物信息学分析内容，支持相关研究或项目开展。 文件详解...
-
基孔肯雅病毒nsP2蛋白酶植物化合物拮抗剂分子建模数据集
数据集概述 本数据集为基孔肯雅病毒nsP2蛋白酶的植物化合物拮抗剂研究提供分子建模数据支持，包含野生型及两种突变体（C478A、H548A）与芹菜素、异鼠李素的对接、分子动力学模拟文件及配体结构、蛋白质结构等相关数据。 文件详解 突变体与配体模拟文件：...
-
Top1_Model_Building_Based_蛋白质模型构建完整数据
数据集概述 本数据集包含Top1模型构建相关的文件，主要由蛋白质结构文件（PDB格式）、模型质量统计文件（XLSX格式）和压缩存档文件组成，为模型结构研究提供基础数据支持。 文件详解...
