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AlphaFold_Rosetta_酶热稳定性预测_结构与能量数据
数据集概述 本数据集围绕酶热稳定性预测展开，包含通过AlphaFold获取的酶变体结构文件、Rosetta计算的能量数据，以及DTM与DGf,mut值对比的Excel表格，涉及LovD、LipA等多种酶变体，用于支撑酶热稳定性预测研究。 文件详解 DTM_vs_DDGf_mut.xlsx 文件格式：XLSX...
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openmm_Figshare_Based_分子模拟软件测试数据集
数据集概述 本数据集为OpenMM软件测试专用数据，包含5个文件，涵盖分子模拟、实时分析配置、数据库、检查点及混合系统结构等内容，支持OpenMM软件功能验证与性能测试，无文件目录层级划分。 文件详解 科学文件（.nc格式，共2个） 文件名称：simulation.nc、checkpoint.nc 文件格式：NC...
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ChemDiv_ChEMBL_DUD_E_深度学习分子对接研究数据集
数据集概述 本数据集为论文《Exploration on Learning Molecular Docking with Deep Learning Models》配套数据，包含ChemDiv聚类化合物、训练集对接分数、DUD-E验证化合物与受体、ChEMBL随机化合物及活性化合物等数据，支撑深度学习分子对接模型的训练与验证。 文件详解...
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AaPilA_Based_口腔致病菌IV型菌毛计算模型结构数据2022
数据集概述 本数据集包含口腔致病菌伴放线聚集杆菌（Aggregatibacter actinomycetemcomitans）IVa型菌毛蛋白PilA的计算建模结构。通过分子动力学模拟和GalaxyGemini服务器预测了全长单体、N端截短单体及14聚体的三维结构，为理解该菌毛的分子结构提供参考。数据集含2个文件，涵盖建模结果的说明与归档文件。...
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Protein_Data_Bank_X射线结构_变构二硫键识别研究数据
数据集概述 本数据集基于Protein Data Bank的X射线结构数据，识别蛋白质中潜在的变构二硫键。通过分析同一蛋白质晶体或不同结构中存在/缺失的不稳定二硫键，筛选出具有易断裂倾向的键，涉及511个不稳定二硫键，其特征为高扭转应变和硫-硫键拉伸，可能与蛋白质功能变构调节相关。 文件详解 文件名称：Table S1.xlsx 文件格式：XLSX...
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Enhanced_Mapping_Based_小分子细胞结合位点对接数据
数据集概述 本数据集为Wozniak等人手稿中的精选对接构象数据，包含小分子在细胞内结合位点的映射信息，文件以结构ID（PDBID或AlphaFold模型）与探针ID组合命名，共1个压缩文件，可用于药物研发相关的小分子结合位点分析。 文件详解 文件名称：Wozniak_et_al_selected_docking_poses_v2.zip...
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Cryo_EM_Supplementary_气胞结构研究补充数据2023
数据集概述 本数据集为气胞Cryo-EM结构研究的补充数据，包含2D类平均图像、AlphaFold2预测模型、GvpC蛋白对接结果及气体孔道分析文件，用于支持气胞伪原子模型构建、生物发生机制推导及进化保守性验证。 文件详解 2Dclasses_AnaMega_SeamsEdgesWallTips.zip 文件格式：ZIP...
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arch_3_In_silico_Based_古紫质3结构预测建模文件包
数据集概述 本数据集包含使用Medeller和RosettaCM算法预测古紫质3（arch-3）蛋白质结构所需的全部文件，支持从序列比对、模板处理到结构建模、优化及结果评估的完整流程，可用于生物信息学领域的蛋白质结构预测研究。 文件详解 核心输入文件 文件名称：P96787.fasta、1UAZ.fasta 文件格式：FASTA...
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NatComm_2021_绿光吸收蛋白视紫红质冷冻电镜结构与动力学研究数据
数据集概述 本数据集为《Cryo-EM structure and dynamics of the green-light absorbing proteorhodopsin》一文的支撑数据，包含论文中图表对应的数值数据及方法描述文档，是研究绿光吸收蛋白视紫红质结构与动力学特性的关键材料，相关冷冻电镜图谱和蛋白质坐标已分别存于EMDB和PDB数据库。...
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Ighm_Based_小鼠中枢神经系统神经元免疫球蛋白恒定区基因表达研究数据
数据集概述 本数据集与论文“Expression of immunoglobulin constant domain genes in neurons of the mouse central nervous...
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数据2019_nCoV_ADE_Based感染抗体依赖性增强预防研究补充数据
数据集概述 本数据集为2019-nCoV感染抗体依赖性增强（ADE）研究的补充数据，包含病毒结构模型文件、序列文件、结构比对文件及说明文档等，涉及2019-nCoV与SARS的S蛋白结构、RBD区域序列等关键信息，用于支持新型冠状病毒感染机制及预防策略相关研究，共包含10个文件。 文件详解 结构模型文件（.pse、.pdb格式）...
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ChemMater_Based_萘二酰亚胺甲脒基低维钙钛矿结构光电光伏表征数据
数据集概述 本数据集是论文“Naphthalenediimide/Formamidinium-Based Low-Dimensional Perovskites”的补充数据，包含该低维钙钛矿材料的结构、光电、光伏及辅助表征数据，对应论文图表与补充信息内容，共6个压缩文件，支持材料性能分析与验证。 文件详解 DFT.zip...
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Rubicon_Pacer_RH结构域pRAB7A结合特异性研究数据FINAL
数据集概述 本数据集包含研究Rubicon和Pacer的RH结构域与pRAB7A结合特异性的相关实验数据，涵盖原始图像、结构文件、序列文件、实验数据表格及压缩图像包等9个文件，用于支持蛋白质相互作用的分析与验证。 文件详解 原始图像文件（.tif格式，共5个） 文件名称：Rubicon_phos_raw...
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Latent_infection_Based_单细胞绿藻巨型内源性病毒潜伏感染研究补充数据
数据集概述 本数据集是论文《Latent infection of an active giant endogenous virus in a unicellular green alga》的补充数据，包含7个文件，涉及单细胞绿藻中巨型内源性病毒潜伏感染相关的基因组序列、蛋白质序列、模型文件及重复序列信息，支持病毒基因结构、蛋白质模型及序列特征的研究。...
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PfCRT_Plasmodium_falciparum氯喹耐药转运蛋白构象模型及模拟系统数据
数据集概述 本数据集包含恶性疟原虫氯喹耐药转运蛋白（PfCRT）的三种构象模型（开放至液泡、封闭、开放至胞质）、分子动力学模拟起始系统文件及模拟原始数据，支持疟原虫耐药机制相关的结构生物学研究。 文件详解 文件名称：README.txt 文件格式：TXT 字段映射介绍：提供数据集的核心说明，包括PfCRT构象类型、模拟系统内容及相关论文引用信息...
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MD_SARS_CoV_2_Spike_Protein电场效应分子动力学模拟数据
数据集概述 本数据集包含SARS-CoV-2刺突蛋白片段及计算机模拟突变体在中等外电场下的全原子分子动力学模拟轨迹，部分模拟最终结构通过PyDOCK与ACE2受体进行计算机对接，以评估构象变化的影响。数据集共4个压缩文件，涵盖不同蛋白结构、突变体及对接结果。 文件详解 文件名称：trajectories_6vsb_dt1ns.zip 文件格式：ZIP...
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MD_Files_Based_FSHR和LHCGR糖蛋白受体SDPC脂质轨迹数据
数据集概述 本数据集包含糖蛋白受体FSHR和LHCGR在SDPC脂质中轨迹的MD文件，涵盖PSF、PDB结构文件及charmm36m力场参数文件。PDB与trr文件仅保留主链原子，所有帧均已拟合至跨膜结构域。数据集共15个文件，支持生物分子动力学模拟相关研究。 文件详解 结构文件包...
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archaerhodopsin_3_Based_视紫红质3结构建模与光谱计算数据
数据集概述 本数据集为视紫红质3（archaerhodopsin-3）的结构建模与光学性质计算相关数据，包含I-TASSER建模的输入文件、输出结果、后处理脚本、光谱计算输入文件及最终结构文件，支持光遗传学应用中电压依赖性荧光指示剂的研究。 文件详解 输入文件 文件名称：seq.fasta、P96787_1UAZ.fasta 文件格式：FASTA...
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Motif_KRAS_Based_基序引导识别KRAS互作蛋白实验数据_原始与结果归档
数据集概述 本数据集为基序引导识别KRAS互作蛋白相关的实验数据归档，包含BLI原始数据、KRAS/HRAS/NRAS/BRAF相关数据、二维结果、评分文件、Co-IP原始数据及输入PDB文件，共6个压缩文件，无分层目录结构，可支持蛋白质互作机制的相关研究。 文件详解 BLI_raw_data.zip 文件格式：ZIP...
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Visual_Integration_Based_真菌染色体三维模型组学数据整合补充数据
数据集概述 本数据集为论文“Visual integration of omics data to improve 3D models of fungal chromosomes”的补充数据，包含3DGB工作流所需的参数文件、生成的真菌基因组三维结构文件、代表性结构动画及原始组学数据分析汇总表，总计31个文件，用于支持真菌染色体三维模型的构建与分析。...
