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亚洲三大高原形成与菟葵属生物地理分化关联数据集
数据集概述 本数据集围绕菟葵属（Eranthis）的生物地理分化展开，结合系统发育分析、分子定年及生物地理分析结果，探究其演化历史与亚洲三大高原（青藏高原、伊朗高原、蒙古高原）地质形成事件的关联，为亚洲关键构造事件的时间节点研究提供支持。 文件详解 文件名称: Co.data.nex，文件格式: NEX（Nexus）...
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大肠杆菌K_12_MG1655的Albacore与Flappie序列召回对比数据集
数据集概述 本数据集基于大肠杆菌K-12 MG1655的超长读长测序数据，对比Albacore和Flappie两种工具的序列召回结果，包含原始测序数据处理后的序列文件、比对结果及可视化脚本。 文件详解 文件名称: aligned_all_ddea.fa，文件格式: FA (.fa)，为序列比对结果文件，包含核苷酸序列比对信息 文件名称:...
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质体外膜蛋白进化历史研究的比对与树文件数据集
数据集概述 该数据集包含为研究“质体外膜蛋白的进化历史——结构-序列比较”而生成的比对文件与系统发育树文件，涉及OEP40、OEP21A_B等多个质体外膜蛋白家族，支持结构与序列层面的进化分析。 文件详解 系统发育树文件（.treefile格式，共5个）： OEP40_ginsi.fas.treefile：OEP40蛋白序列的系统发育树文件...
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欧洲及地中海流域淡水等足类物种群Proasellus_coxalis组成分布及历史研究补充信息
数据集概述 本数据集是关于欧洲及地中海流域淡水等足类物种群Proasellus coxalis组成、分布及历史研究的补充信息，包含多种格式的表格、进化树文件、序列文件及说明文档，为相关研究提供支持。 文件详解...
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新冠病毒大流行背景下深度学习与物理对接工具对比数据集
数据集概述 该数据集围绕新冠病毒大流行背景，提供深度学习与物理对接工具的相关数据，包含数据预处理脚本、不同对接工具的结果文件、多序列比对文件及模拟输入文件等，为相关研究提供数据支持。 文件详解 DataProcessing.zip：压缩文件，包含数据预处理的脚本及中间文件，用于从pdb文件中提取SMILES和蛋白质坐标 docking-...
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海洋线虫DNA宏条形码参考数据集评估补充材料8
数据集概述 本数据集为海洋线虫DNA宏条形码研究的补充材料，包含基于不同多序列比对的邻接（Neighbor joining）分析结果，记录线虫科的分辨率和单系分支的自举支持率，标注多系（POL）和并系（PAR）分类单元。 文件详解 文件名称: oo_95694.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 文件内容:...
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GPCRchimeraDB_Based_生物信息学GPCR嵌合受体数据完整分析
数据集概述 该数据集包含GPCRchimeraDB数据库的核心数据及生成所需文件，涵盖天然与嵌合GPCR条目、三维结构、系统发育树、多序列比对等生物信息学资源，为GPCR相关研究提供结构化数据支持。 文件详解 chimera_not_in_DB.xlsx：Excel格式文件，包含非A类及跨类嵌合设计（未入库）、待考虑的未入库设计...
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欧洲柄马勃属物种多样性与系统发育研究补充材料2
数据集概述 本数据集为欧洲柄马勃属（Tulostoma）物种多样性研究的补充材料，包含ITS序列比对的距离矩阵（未校正"p"距离与GTR距离）及多序列比对文件，支持该属系统发育与分类学研究。 文件详解 文件名称: oo_133203.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 文件内容:...
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SARS_CoV_2全基因组结构与功能建模数据集
数据集概述 本数据集提供了针对SARS-CoV-2基因组中所有蛋白质的同源模型及功能注释信息，涵盖蛋白质结构模型、序列数据和多序列比对文件，为研究新冠病毒蛋白质的结构特征与功能机制提供数据支持。 文件详解 文件名称: models (1).zip 文件格式: ZIP压缩包 内容说明: 包含SARS-CoV-2蛋白质的同源模型数据 文件名称: seq...
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基于图分裂法的超家族级系统发育树重建数据集
数据集概述 该数据集是关于“图分裂法”（Graph Splitting）的研究辅助材料，该方法通过图论手段解决远缘蛋白质超家族的系统发育树重建难题，支持早期进化分析及多序列比对性能提升。 文件详解 文件名称：Supplementary_Movie_1.mp4，文件格式：MP4，可能为展示图分裂法原理或应用过程的动态演示视频...
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IQ2MC系统发育时间树推断框架原始数据集
数据集概述 本数据集为论文“IQ2MC: A New Framework to Infer Phylogenetic Time Trees Using IQ-TREE 3 and MCMCTree with Mixture Models”的原始数据，包含实证数据、分析脚本及模拟数据，用于支持基于混合模型的系统发育时间树推断研究。 文件详解...
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外生菌根真菌ITS多序列比对补充材料
数据集概述 本数据集为研究外生菌根真菌核核糖体内部转录间隔区1（ITS1）中信号识别颗粒（SRP）RNA检测的补充材料，包含63条匹配ITS序列及3条新生成序列的多序列比对文件，采用NEXUS格式存储，用于展示序列结构组成。 文件详解 文件名称: oo_88586.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 文件内容:...
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外生菌根真菌ITS1区域SRP_RNA多序列比对补充材料4
数据集概述 该数据集为外生菌根真菌相关研究的补充材料，核心内容是信号识别颗粒RNA（SRP RNA）的多序列比对文件，包含已有研究中的三种真菌SRP RNA序列与新生成的红菇属、乳菇属ITS序列的比对结果。 文件详解 文件名称: oo_88588.pdf 文件格式: PDF 内容说明: 包含信号识别颗粒RNA（SRP...
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四膜虫异源顺式异戊烯基转移酶进化分化与功能研究补充数据集
数据集概述 本数据集为四膜虫异源顺式异戊烯基转移酶进化分化与功能研究的补充数据，包含多序列比对、蛋白质结构模型、系统发育树及补充图表，支持对该酶的进化关系与功能机制分析。 文件详解 文件名称: alignment.fst，文件格式: .fst 内容: 基于结构的多序列比对数据，对应研究中的图1 文件名称: structures.rar，文件格式:...
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草酸曲霉多序列比对与系统发育树数据集
数据集概述 该数据集包含草酸曲霉（Aspergillus oxalae）的多序列比对文件和最大似然法（ML）构建的系统发育树文件，为研究该菌种的分子进化和分类提供基础数据支持。 文件详解 文件名称: Aspergillus_oxalae_benA_COMB_CmD_TRIM (2).fas 文件格式: FAS (.fas) 内容说明:...
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无脊椎动物进化组蛋白染色质调控工具数据集
数据集概述 本数据集包含无脊椎动物进化研究中组蛋白染色质调控的补充数据与代码，涉及基因组注释、组蛋白基因挖掘、表达分析等内容，支持对进化机制的深入研究。 文件详解...
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基于深度学习的多序列比对系统发育树拓扑推断数据集
数据集概述 本数据集围绕深度学习方法（卷积神经网络）在系统发育树拓扑推断中的应用展开，包含模拟数据测试结果、传统方法对比分析及CNN模型性能评估相关的补充文档、图表和表格，为验证深度学习在系统发育推断领域的优势提供支持。 文件详解 文档文件（.docx格式）： Suppl_fig_tab_legends_v1.docx：补充图表和表格的图例说明文档...
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系统发育树中最小化到最近叶平均距离数据集
数据集概述 该数据集为“系统发育树中最小化到最近叶平均距离（ADCL）”研究提供支持，包含验证ADCL算法在嵌合序列等场景下行为的实验数据，涉及参考序列包、多序列比对、系统发育放置结果及嵌合序列标识等核心内容，助力相关算法性能评估与验证。 文件详解 该数据集包含多种格式的文件，具体说明如下： - 文档说明文件（.txt格式）： -...
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语言模型中蛋白质家族与功能的高关注位点分析数据集
数据集概述 本数据集围绕语言模型中蛋白质家族与功能的高关注位点展开，包含热图、PFAM序列、相似性分析及多序列比对等相关压缩文件，为研究蛋白质家族与功能的关联提供数据支持。 文件详解 压缩文件: heatmap.zip: ZIP格式，可能包含蛋白质关注位点的热图数据 pfam_fasta.zip:...
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远洋海鸟近期辐射演化的序列捕获与RAD测序整合补充信息数据集
数据集概述 本数据集为远洋海鸟近期辐射演化研究的补充信息，包含序列捕获（UCEs）与双酶切RAD测序（PE-ddRAD）整合分析的相关文件，涉及基因树、系统发育树、样本信息、参数控制文件等，支持解析快速物种形成事件中的系统发育冲突。 文件详解 文档文件： Supplementary_Information.pdf：PDF格式，研究补充说明文档...
