数据集概述
本数据集为论文“IQ2MC: A New Framework to Infer Phylogenetic Time Trees Using IQ-TREE 3 and MCMCTree with Mixture Models”的原始数据，包含实证数据、分析脚本及模拟数据，用于支持基于混合模型的系统发育时间树推断研究。
文件详解
- Empirical_data.zip：包含各实证比对的多序列比对文件、校准树文件、分区文件及MCMCTree输入控制文件
- Emprical_data_analysis.zip：包含比较不同进化模型和四种校准设置（年轻、中等、根、全部）下分化时间的脚本及MCMCTree输出文件
- Simulation_data.zip：包含六种进化速率（1x、2x、4x、6x、8x、10x）下的模拟DNA和AA数据，DNA数据采用GTR+G4替代模型，AA数据采用LG+G4和六种轮廓混合模型（LG+G4+C10至LG+G4+C60）
数据来源
实证数据来源于以下文献：
- Álvarez-Carretero等（2022）
- Betts等（2018）
- Morris等（2018）
- Reis等（2015）
适用场景
- 系统发育学研究：用于验证IQ2MC框架在推断系统发育时间树中的性能
- 进化生物学分析：比较不同进化模型和校准设置对分化时间推断结果的影响
- 计算生物学方法开发：为混合模型在系统发育分析中的应用提供数据支持
- 分子进化模拟研究：分析不同进化速率下模拟数据对时间树推断的影响
