-
AlphaFold3抗体与纳米抗体基准测试数据集_更新版
数据集概述 该数据集为AlphaFold3模型提供抗体与纳米抗体的基准测试数据，包含格式化的晶体结构及AF3、Boltz-1、Chai-1预测结构的PDB文件，同时涵盖数据集元数据（如PDB ID、重链、轻链及抗原序列）。 文件详解 文件名称：revised_Compiled_Benchmark_Data.zip 文件格式：ZIP压缩包（.zip）...
-
GAG酶分子对接与Dali服务器结果数据集
数据集概述 本数据集包含GAGase II与三种糖胺聚糖底物的分子对接结果，以及通过Dali服务器对GAGase II与结构已知蛋白的三级结构相似性分析结果，支撑PL35家族糖胺聚糖裂解酶晶体结构与催化机制的相关研究。 文件详解 该数据集包含6个文件，分为分子对接结果文件和结构相似性分析文档两类： - 分子对接结果文件（PDB格式）： -...
-
纳洛昔醇作为β_微管蛋白结合抑制剂深度评估的动态评分方法数据集
数据集概述 本数据集是针对“纳洛昔醇作为β-微管蛋白结合抑制剂深度评估的动态评分方法”研究的计算机辅助药物设计（CADD）与分子动力学（MD）操作数据，包含受体制备、虚拟筛选、ADMET分析等多环节文件，为药物作用机制研究提供支持。 文件详解 该数据集包含多个目录和文件，具体说明如下： - 补充文档: - Supplementary...
-
OprD唾液酸化阻碍抗生素进入数据集
数据集概述 本数据集围绕OprD蛋白唾液酸化阻碍抗生素进入的分子机制展开，包含分子动力学模拟、糖基化位点预测、结构分析等相关数据，涉及蛋白构象、通道通透性及抗生素结合等研究内容，为探究细菌耐药机制提供数据支持。 文件详解 该数据集包含35个文件，存储于同一目录下，具体类型及示例如下： - 文档类文件： - glycosylation site pred...
-
甲基细菌叶绿素A与甲基细菌脱镁叶绿素A力场参数数据集
数据集概述 本数据集包含甲基细菌叶绿素A（bcl）和甲基细菌脱镁叶绿素A（bph）的力场参数，以及相关的输入输出文件，支持分子模拟与结构分析，为光合辅因子的计算化学研究提供数据基础。 文件详解 数据集为一个压缩包文件，解压后包含以下内容： - 力场参数文件： - cromo.tpg：拓扑定义文件，含bcl和bph的原子类型分配 -...
-
哺乳动物CatSper超四级结构跨膜二硫键交联研究数据集
数据集概述 本数据集包含基于Butzleri弧菌电压门控钙通道（4MS2）模型，通过保守半胱氨酸连接构建的哺乳动物CatSper蛋白结构坐标数据，用于揭示其超四级结构特征。 文件详解 文件名称: catsper1234_8mer.pdb 文件格式: PDB (.pdb) 内容说明:...
-
木质素过氧化物酶配体通道_阿特拉津对接复合物结构
数据集概述 本数据集为木质素过氧化物酶配体通道与阿特拉津分子对接复合物的结构数据，基于298K温度下10纳秒分子动力学模拟的构象，通过分子对接技术构建，原始结构源自RCSB PDB数据库。 文件详解 文件名称: Docking structure.pdb 文件格式: PDB (.pdb) 文件内容:...
-
快速折叠肽的蒙特卡洛模拟数据集
数据集概述 该数据集包含快速折叠肽的蒙特卡洛模拟实验数据，核心围绕十氨基酸与二十氨基酸肽链从变性构象到平衡构象的折叠过程展开，采用联合原子力场及隐式水模型，通过多种模拟移动方式确定肽链最低能量结构。 文件详解 该数据集包含多个类型的文件，具体说明如下： - 核心模拟数据文件： - 无扩展名文件（149个）：可能为模拟过程中的中间输出或参数配置文件 -...
-
BRCA与人类激肽释放酶蛋白互作对接研究数据集
数据集概述 本数据集包含BRCA（野生型及突变型）与人类激肽释放酶蛋白互作的对接实验数据，涵盖受体结构文件、对接结果、结合能统计及相互作用分析等，通过README提供复用指导，为前列腺癌相关蛋白互作机制研究提供支持。 文件详解 该数据集包含多个目录和文件，具体说明如下： - 核心目录: - wildtype_BRCA_docking/:...
-
新芽孢杆菌II型SMC_Wadjet复合体结构数据集
数据集概述 本数据集围绕新芽孢杆菌（Neobacillus vireti）的II型SMC Wadjet复合体结构展开，包含其重构模型、AlphaFold预测模型及相关实验图表。旨在揭示该类原核免疫复合物的独特结构特征，为理解Wadjet系统演化及功能提供数据支持。 文件详解 该数据集由多个目录和文件组成，具体说明如下： - 核心结构重构文件（位于...
-
肠炎沙门氏菌WbaP结构关联数据集
数据集概述 本数据集包含肠炎沙门氏菌WbaP蛋白的结构关联数据，涵盖XLMS交联数据、CDMS数据、AlphaFold生成的二聚体模型及Foldseek分析结果，为该蛋白结构研究提供多维度数据支持。 文件详解 主目录文件： S_enterica_WbaP_foldseek_afdb-...
-
胆固醇与毒蕈碱及阿片受体对接数据集
数据集概述 该数据集包含胆固醇与毒蕈碱受体（M2、M4亚型）及阿片受体（Kappa、Mu、Delta亚型）对接的分子动力学模拟结果，以PDB格式存储受体与胆固醇结合的最优构象文件，共五十个文件。 文件详解 该数据集包含一个目录下的五十个PDB格式文件，具体说明如下： - 目录: Cholesterol docking to muscarinic and...
-
胰岛素_受体复合物短分子动力学_11埃片段_氨基酸二聚体数据集
数据集概述 本数据集包含胰岛素-受体复合物的短分子动力学模拟数据、11埃片段结构数据及氨基酸二聚体数据，涉及分子结构、动力学轨迹及氨基酸相互作用对的信息，为研究胰岛素与受体的结合机制提供数据支持。 文件详解 该数据集按目录分类存储，具体说明如下： - Short-MD目录： - minimized.pdb：胰岛素-...
-
锌抗病毒蛋白对感染脊椎动物RNA病毒基因组组成的影响数据集
数据集概述 本数据集围绕锌抗病毒蛋白（ZAP）对感染脊椎动物RNA病毒基因组组成的影响展开，包含系统发育分析、蛋白结构、病毒组成等多维度数据，支撑研究ZAP起源进化及与病毒基因组CpG抑制的关联。 文件详解 该数据集包含多个目录及文件，具体说明如下： - 病毒组成数据（Viral composition/ 目录）： -...
-
具有人类病原体分子靶点药理干预潜力的肽数据库
数据集概述 本数据集包含针对细菌、病毒、寄生虫和真菌等病原体的抗菌肽数据库，通过PubChem和ChEMBL获取肽的SMILES结构，经OpenBabel转换为一维SMI、三维MOL2和PDB格式，共七百一十八条具有抑制活性的肽，支持病原体分子靶点相关研究。 文件详解 该数据集由多个目录和文件组成，具体说明如下： - 补充资料文件: -...
-
淀粉样前体蛋白C99内在无序域跨膜螺旋二聚化与膜外β链形成数据集
数据集概述 本数据集围绕淀粉样前体蛋白C99内在无序域展开，包含其在POPC脂质双分子层及150毫摩尔氯化钠水溶液中的构象数据、GENESIS分子动力学模拟参数，以及稀浓度下核磁共振顺磁探针强度比数据，为研究膜外β链形成对跨膜螺旋二聚化的调控提供支持。 文件详解 该数据集按功能划分为以下目录及文件： - C99单体构象目录（C99 monomer...
-
MgtE镁离子通道生物信息学分类与新型亚类稳定化的从头蛋白设计数据集
数据集概述 本数据集围绕MgtE镁离子通道的生物信息学分类及新型亚类稳定化的从头蛋白设计展开，包含实验数值数据、蛋白质结构文件、图像文件等多类型资料，为相关研究提供数据支持。 文件详解 该数据集按研究图表主题分类存储，具体说明如下： - Figure2相关文件（位于Figure2-numeric data for FSEC-Nb mgte目录下）： -...
-
白癜风整合遗传学与多组学分析机制及治疗靶点数据集
数据集概述 本数据集包含用于分子对接的蛋白质和小分子化合物结构文件，围绕白癜风的整合遗传学与多组学分析展开，涉及JAK/STAT通路对CTSS的调控机制，为白癜风治疗靶点研究提供结构数据支持。 文件详解 该数据集包含一个目录下的八个文件，具体说明如下： - 目录: Integrative Genetics and Multiomics Analysis...
-
Y型沸石吸附密度泛函理论手稿数据集
数据集概述 本数据集包含离子交换Y型沸石吸附硫和芳香族物质的密度泛函理论（DFT）计算相关文件，涵盖NBO7输出文件、分子结构文件及焓值数据，为沸石吸附性能的理论研究提供支持。 文件详解 根目录文件： Enthalpies.xlsx：Excel格式文件，可能包含吸附过程的焓值数据 CeY目录（CeY/）： 包含CeY-BT.pdb、CeY-...
-
DNA侧翼增强CreA_ZFD结合数据集
数据集概述 本数据集聚焦DNA 5'侧翼序列对CreA-ZFD结合能力的增强作用，核心发现为侧翼序列可使结合亲和力提升2.8倍。包含质粒构建、蛋白表达纯化、结合实验及结构模型等多类文件，为分子生物学相关研究提供支持。 文件详解 数据集包含16个文件，均位于“DNA flank enhances CreA-ZFD...
