数据集概述
本数据集为地中海生态关键物种Arbacia lixula的转录组与基因表达数据，包含体组织（体腔细胞、消化组织）和生殖组织（卵巢、睾丸）的转录组测序结果，以及从头组装的参考转录组和差异表达分析结果，共186084条转录本，可用于研究该物种的组织特异性基因表达及进化适应机制。
文件详解
- Arbacia lixula_Annotation_tissues.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含四种组织转录本的注释相关数据
- DESeq_results.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含不同组织间差异表达分析的结果数据
- Arbacila_lixula_Reference_annot.annot
- 文件格式：ANNOT
- 字段映射介绍：参考转录组的注释文件
- Arbacia_lixula_Reference_Assembly_Trinity.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：从头组装的参考转录组序列文件
- Arbacia lixula_Assemblies_Tissues.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：四种组织的转录组组装结果数据
- RSEM_files from four different tissues and 8 libraries.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含四种组织、8个文库的基因表达定量数据
数据来源
论文“Characterization of the transcriptome and gene expression of four different tissues in the ecologically relevant sea urchin Arbacia lixula using RNA-seq”
适用场景
- 海洋无脊椎动物基因组学研究: 用于分析Arbacia lixula的转录组结构及基因功能注释
- 组织特异性基因表达分析: 研究体组织与生殖组织间的差异表达基因及功能分类
- 海洋生态关键物种适应机制研究: 筛选与进化适应相关的靶基因，探究该物种对地中海生态系统的适应策略
- 棘皮动物生殖生物学研究: 分析卵巢与睾丸的差异表达基因，研究生殖组织的分子调控机制
- 免疫相关基因功能研究: 基于体腔细胞的脂质代谢与免疫反应相关基因，开展海洋无脊椎动物免疫机制研究
