数据集概述
本数据集包含五种头索动物（Asymmetron lucayanum、Branchiostoma belcheri、Branchiostoma floridae、Branchiostoma japonicum、Branchiostoma lanceolatum）的基因组注释文件，涵盖蛋白质编码基因、tRNA、rRNA及转座元件（TE）注释，还包含多阶段RNA-seq映射后的基因表达TPM数据，总计31个文件。
文件详解
- 物种基因组注释文件（共5个物种，每个物种含5类.gz文件）
- 文件名称：遵循
Species_name.[类型].gz模式（如Branchiostoma_lanceolatum.gff3.gz）
- 文件格式：GFF3、GFF2、FASTA（均为.gz压缩）
- 字段映射介绍：
Species_name.gff3.gz：蛋白质编码基因与tRNA基因注释（GFF3格式）Species_name.cds-transcripts.fa.gz：蛋白质编码基因的CDS/转录本序列（FASTA格式）Species_name.proteins.fa.gz：蛋白质编码基因的蛋白质序列（FASTA格式）Species_name.rRNA.gff2.gz：rRNA基因注释（GFF2格式）Species_name.TEanno.gff3.gz：转座元件注释（GFF3格式）- 基因表达数据文件
- 文件名称：
cephalochordate_TPM.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含五种头索动物多阶段RNA-seq数据映射后的基因表达TPM值
数据来源
evomicslab团队（www.evomicslab.org）及相关合作研究（如Huang et al. 2023、Brasó-Vives et al. 2022等）
适用场景
- 头索动物基因组进化研究：分析五种头索动物的基因结构、转座元件分布及染色体进化规律
- 基因功能注释：利用蛋白质序列、CDS序列注释头索动物基因的功能与结构域
- 基因表达分析：基于TPM数据研究头索动物不同发育阶段的基因表达模式
- 比较基因组学：对比五种头索动物的基因组注释差异，探究头索动物与脊椎动物的进化关系
- 分子生物学实验设计：为头索动物相关基因克隆、表达验证提供序列参考
