数据集概述
本数据集为Kentish plover（Charadrius alexandrinus）的从头神经转录组组装结果，基于端脑和间脑组织的Illumina RNA-Seq短读长数据生成。包含超21000条表达转录本、31000余个高质量SNP、2500余个SSR，以及雌雄行为相关差异表达基因，为无参考基因组的生态模型物种提供转录组资源。
文件详解
- 文件名称：README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含数据集描述、组装方法（Trinity软件）、文件说明等元信息，引用自Moghadam et al. 2013的研究论文。
- 文件名称：Putative_Autosomal_SNP.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含常染色体上的高质量SNP数据。
- 文件名称：Putative_Autosoma_SSR.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含常染色体上的简单序列重复（SSR）数据。
- 文件名称：Putative_Z_SNP.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含Z染色体上的高质量SNP数据。
- 文件名称：Shorebird_Full_cDNA_Assembly.fasta.zip
- 文件格式：ZIP（内含FASTA）
- 字段映射介绍：包含通过Trinity组装的完整cDNA转录组序列，采用FASTA格式存储。
- 文件名称：Putative_Z_SSR.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含Z染色体上的简单序列重复（SSR）数据。
- 文件名称：Shorebird_Count_Data_DESeq.txt.zip
- 文件格式：ZIP（内含TXT）
- 字段映射介绍：包含用于DESeq分析的基因表达计数数据，支持差异表达基因的鉴定。
数据来源
论文“Moghadam et al. 2013. The plover neurotranscriptome assembly: transcriptomic analysis in an ecological model species without a reference genome. Molecular Ecology Recourses”
适用场景
- 行为生态学研究：分析雌雄Kentish plover行为差异相关的候选基因表达模式。
- 基因组资源开发：为无参考基因组的鸟类物种提供转录组参考序列。
- 分子标记开发：利用SNP和SSR数据开发种群遗传学研究的分子标记。
- 神经生物学研究：探究学习、认知、记忆及神经功能相关基因的表达特征。
- 转录组组装方法验证：评估从头转录组组装在非模式物种中的应用效果。
