数据集概述
本数据集为加勒比胎生石龙子Spondylurus nitidus和S. culebrae的高质量染色体水平参考基因组组装结果，包含基因序列、注释信息、统计文件等，支撑对这两种石龙子基因组结构与功能的研究。
文件详解
- 基因序列文件：
- SponNit_codingseq.fna、SponCul_Standard_gene_models.codingseq.fna等：FA格式文件，存储编码序列
- SponCul_Standard_gene_models.faa、SponNit_Candidate_anno.faa等：FAA格式文件，存储氨基酸序列
- 基因组注释文件：
- SponNit_Candidate_anno.gff、SponCul_Standard_gene_models.gff等：GFF格式文件，记录基因结构与功能注释
- SponNit_1.0_mitochondrion.gff、SponCul_1.0.mitochondrion.gff：GFF格式文件，线粒体基因组注释
- 统计与分析文件：
- SponCul_gene_count_per_record.txt、SponNit_mRNA_count_per_record.txt等：TXT格式文件，基因与mRNA数量统计
- SponNit_gene_model_scores.tsv、SponCul_gene_model_scores.tsv：TSV格式文件，基因模型评分数据
- SponNit_1.0.stats、SponCul_1.0.stats：TXT格式文件，基因组组装统计信息
- 可视化与辅助文件：
- SponNit_1.0_Genomescope_21mer_linear_plot.png、SponNit_1.0_JBAT_HiCImage.png：PNG格式文件，基因组分析可视化图像
- SponCul_functional_anno_routines.sh、SponNit_run_functional_anno.sh：SH格式文件，功能注释分析脚本
数据来源
Rivera et al. 2024发表于Genome Biology and Evolution的研究
适用场景
- 进化生物学研究：分析两种石龙子基因组的进化关系与适应性演化机制
- 功能基因组学：探究基因结构、编码序列与蛋白质功能注释
- 比较基因组学：对比不同石龙子物种的基因组特征差异
- 分子生物学：为基因功能验证与表达分析提供参考序列
- 生物信息学方法验证：测试基因组组装、注释与分析流程的有效性
