Xff_Temecula1菌株基因组Bakta重注释数据集

数据集概述

本数据集是使用Bakta流程对Xff菌株Temecula1(NCBI登录号GCF_000007245.1)基因组进行的重注释结果,包含基因组序列、注释信息、统计摘要等多种格式文件,为研究该菌株的基因组结构与功能提供支持。

文件详解

该数据集包含十四种不同格式的文件,具体说明如下: - 基因组序列文件: - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.fna:FASTA格式,可能包含基因组的核苷酸序列 - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.ffn:FASTA格式,可能包含编码序列的核苷酸序列 - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.faa:FASTA格式,可能包含预测蛋白质的氨基酸序列 - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.hypotheticals.faa:FASTA格式,可能包含假设蛋白质的氨基酸序列 - 注释信息文件: - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.gff3:GFF3格式,可能包含基因组特征的注释信息 - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.gbff:GenBank格式,可能包含基因组的详细注释记录 - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.embl:EMBL格式,可能包含基因组的注释信息 - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.tsv:TSV格式,可能包含基因组注释的表格数据 - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.hypotheticals.tsv:TSV格式,可能包含假设基因的注释表格数据 - 统计与摘要文件: - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.txt:TXT格式,可能包含基因组序列长度、GC含量、编码密度等统计信息 - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.log:可能包含Bakta注释流程的日志信息 - 可视化与结构化文件: - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.svg、GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.png:图像格式,可能包含基因组注释的可视化结果 - GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.json:JSON格式,可能包含结构化的注释数据

适用场景

  • 微生物基因组学研究:分析Xff菌株Temecula1的基因组结构、基因组成与功能
  • 比较基因组学分析:与其他菌株基因组数据对比,探究物种进化关系
  • 功能基因组学研究:基于注释信息预测基因功能,挖掘潜在的代谢通路或致病相关基因
  • 生物信息学方法验证:作为测试数据,验证基因组注释工具或分析流程的性能
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 36.41 MiB
最后更新 2025年12月20日
创建于 2025年12月20日
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