数据集概述
本数据集是使用Bakta流程对Xff菌株Temecula1(NCBI登录号GCF_000007245.1)基因组进行的重注释结果,包含基因组序列、注释信息、统计摘要等多种格式文件,为研究该菌株的基因组结构与功能提供支持。
文件详解
该数据集包含十四种不同格式的文件,具体说明如下:
- 基因组序列文件:
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.fna:FASTA格式,可能包含基因组的核苷酸序列
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.ffn:FASTA格式,可能包含编码序列的核苷酸序列
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.faa:FASTA格式,可能包含预测蛋白质的氨基酸序列
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.hypotheticals.faa:FASTA格式,可能包含假设蛋白质的氨基酸序列
- 注释信息文件:
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.gff3:GFF3格式,可能包含基因组特征的注释信息
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.gbff:GenBank格式,可能包含基因组的详细注释记录
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.embl:EMBL格式,可能包含基因组的注释信息
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.tsv:TSV格式,可能包含基因组注释的表格数据
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.hypotheticals.tsv:TSV格式,可能包含假设基因的注释表格数据
- 统计与摘要文件:
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.txt:TXT格式,可能包含基因组序列长度、GC含量、编码密度等统计信息
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.log:可能包含Bakta注释流程的日志信息
- 可视化与结构化文件:
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.svg、GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.png:图像格式,可能包含基因组注释的可视化结果
- GCF_000007245.1_ASM724v1_genomic.json:JSON格式,可能包含结构化的注释数据
适用场景
- 微生物基因组学研究:分析Xff菌株Temecula1的基因组结构、基因组成与功能
- 比较基因组学分析:与其他菌株基因组数据对比,探究物种进化关系
- 功能基因组学研究:基于注释信息预测基因功能,挖掘潜在的代谢通路或致病相关基因
- 生物信息学方法验证:作为测试数据,验证基因组注释工具或分析流程的性能