找到13个数据集

分类: 公开数据 标签: GROMACS

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  • 亚平宁棕熊ND5亚基G527E突变线粒体复合物I分子动力学模拟数据集

    2025年12月19日 30 129 11

    数据集概述 本数据集包含亚平宁棕熊线粒体复合物I ND5亚基G527E突变的分子动力学模拟后处理数据，对比野生型、对照型及突变型三个系统的结构与功能特征，支持相关生物能量学研究的验证与可重复性。 文件详解 该数据集为压缩包文件，内部包含按分析主题分类的目录，具体如下： - 文件名称: Apennine_Brown_Bear.zip - 文件格式:...
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  • 鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制分子动力学模拟数据集

    2025年12月19日 30 62 35

    数据集概述 本数据集包含鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制研究的分子动力学模拟快照及力场拓扑文件。核心内容为模拟得到的三种结合模式（ROT1、pre-redox、ROT2）的蛋白质-配体结构，以及GROMACS格式的鱼藤酮及其衍生物的力场参数文件，为相关分子机制研究提供数据支持。 文件详解 分子模拟快照文件（位于configurations/目录下）:...
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  • SND3膜插入酶分子动力学模拟数据集

    2025年12月19日 30 74 7

    数据集概述 本数据集包含研究论文“SND3 is the membrane insertase within a distinct SEC61 translocon complex”相关的分子动力学模拟文件，涵盖原子级和粗粒化模拟的参数、配置及分析代码，支持复现研究中的计算与可视化结果。 文件详解 文件名称:...
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  • SARS_CoV_2变体RBD与不同抗体类别结合能力探索的分子动力学输入数据集

    2025年12月18日 30 108 51

    数据集概述 本数据集为分子动力学（MD）模拟输入数据，用于支持探索SARS-CoV-2变体受体结合域（RBD）与不同抗体类别结合能力的计算研究，通过GROMACS软件开展模拟分析。 文件详解 文件名称：MD_input_data.zip 文件格式：ZIP压缩包 内容说明：包含分子动力学模拟所需的输入数据，具体文件结构需解压后查看 适用场景...
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  • 人参皂苷F1生产相关多功能糖苷酶分子模拟数据集

    2025年12月16日 30 65 15

    数据集概述 该数据集包含人参皂苷F1生产相关的分子对接及动力学模拟数据，针对野生型β-葡萄糖苷酶BgDU及其DUase突变体与底物NG-R1、G-Rg1的结合动态及构象变化，开展了四组独立模拟研究，为糖苷酶结构工程改造提供数据支持。 文件详解 数据集包含四个核心文件夹，具体说明如下： - Docking Structure文件夹： -...
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  • 轴突膜粗粒化模型数据集

    2025年12月15日 30 17 4

    数据集概述 本数据集提供了轴突膜的粗粒化（CG）模型相关文件，支持分子动力学模拟研究。模型基于MARTINI 2.2力场构建，包含平衡态轴突膜结构、拓扑文件、参数示例及说明文档，为轴突膜力学特性与破裂机制分析提供数据基础。 文件详解 文件名称及格式： axolemma.gro：GROMACS坐标格式文件，存储平衡态轴突膜的结构数据...
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  • DPPC双层膜全水合分子动力学模拟轨迹及相关文件

    2025年12月13日 30 164 41

    数据集概述 该数据集包含DPPC脂质双层膜在全水合条件下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于GROMOS 53A6_L力场和Reaction Field静电计算方法，模拟时长100纳秒，温度323K，含128个DPPC分子与5841个水分子，为膜结构研究提供数据支持。 文件详解 文件名称: md.tpr，文件格式:...
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  • 基于NMR_NOE对距离测量的全原子核酸力场精准优化数据集

    2025年12月11日 30 81 7

    数据集概述 本数据集提供两种优化后的全原子核酸力场文件，基于核磁共振NOE对距离测量结果进行精准优化，以GROMACS格式存储，支持分子动力学模拟研究。 文件详解 文件名称：OL3_vdW7.ff.zip，文件格式：ZIP压缩包，包含GROMACS格式的OL3-vdW7核酸力场文件...
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  • 选择性雄激素受体调节剂与蛋白质相互作用的计算研究数据集

    2025年12月10日 30 150 57

    数据集概述 本数据集围绕选择性雄激素受体调节剂（SARMs）展开，通过计算方法研究其与雄激素受体、5-α还原酶蛋白的相互作用，包含相关分子动力学轨迹文档及输入参数文件。 文件详解 PDF文档文件（共11个）：...
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  • 腔肠素吸收光谱建模数据集

    2025年12月10日 30 68 25

    数据集概述 该数据集支持一项关于腔肠素吸收光谱的建模研究，核心围绕内部柔性、态间耦合及显式环境调控的作用展开。包含分子动力学输入文件、优化结构文件、线性振动耦合文件及说明文档，为研究腔肠素光谱特性提供数据支持。 文件详解 文件名称: Readme.txt 文件格式: TXT (.txt) 内容:...
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  • MD模拟与AFM图像文件数据集

    2025年12月9日 30 134 104

    数据集概述 本数据集包含两类核心内容：一类是通过GROMACS 4.7.0进行的分子动力学（MD）模拟数据，研究不同单价（Na+、K+）和二价（Mg2+、Ca2+、Sr2+）阳离子与Drew-Dickerson B-DNA十二聚体的相互作用；另一类是通过JPK Nanowizard ULTRA...
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  • 聚合物_脂质溶液分子动力学模拟的RNN预测数据集2022

    2025年12月8日 30 100 98

    数据集概述 本数据集包含用于研究聚合物-脂质溶液分子动力学模拟的文件与脚本，涉及GROMACS拓扑结构、初始结构文件，以及用于计算相互作用能、PyTorch模型训练和期望最大化聚类的脚本，还包括势能与相互作用能时间序列数据及相关预印本。 文件详解 GROMACS相关文件： DSPE+PEG.top：GROMACS拓扑文件，描述DSPE-...
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  • 反相液相色谱流动相贡献的分子动力学模拟输入文件数据集

    2025年12月6日 30 95 84

    数据集概述 本数据集包含用于两篇反相液相色谱相关研究论文的分子动力学（MD）模拟输入文件，支持复现研究中所有模拟系统，涉及流动相（含甲醇、乙腈）、分析物及色谱柱孔隙的模拟配置。 文件详解 文件名称: input_files.zip 文件格式: ZIP压缩包 内容说明:...
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